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日本医師会では、専門的な医療事務の知識と最新の情報処理技能を備えるとともに、医療機関の今日的な使命を自覚し、それにふさわしい対応ができる日本医師会認定医療秘書を養成しています。
日本医師会認定医療秘書の養成は、日本医師会で認めた養成機関で行われています。養成の方法は、県医師会が直接養成を行っているもの（通信制）と、県医師会が外部教育機関に養成を委託しているもの（全日制）との２種類で、通信制は２年、全日制は１年以上の学習期間となっています。入学資格は原則として高校卒業以上、または都道府県医師会がこれに準ずると認めた者です。
現在、養成機関は８県医師会の１０校であり、通信制は愛知県の１校、全日制は宮城県、富山県、福井県、山梨県、静岡県、広島県、宮崎県（３校）の９校となっています。また、全日制の９校は、外部教育機関に委託しています。
日本医師会認定医療秘書の養成は、昭和５６年より始められました。また、日本医師会医療秘書認定試験は、昭和５８年４月を第１回として、現在、第３１回を数えるに至っています。本年度は、平成２３年２月１３日に行われました。第３１回までの合格者数は、１１，０４７名です。
なお、日本医師会認定医療秘書の認定を受けるには、本試験に合格していることに加えて、日本医師会規定の秘書技能科目を３科目取得していることを条件としています。平成２２年１１月現在までの認定者数は７，６４７名です。
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