昭和四十一年ごろ，大学の先輩より本学に医師会を作ったらどうかといわれ，地区医師会（新宿区医師会）と相談したところ，作らないでくれといわれ中止した経緯がある．
　その後は従来どおり新宿区医師会に所属していたが，平成五年に東京都医師会より，本学に医師会を作るよう要請があり，平成五年十一月の東京都医師会代議員会において設立が認められ，平成六年一月に東京医大医師会が創立した．
　創立当時は，講師以上は強制的に医師会に入会することとし，百四十一名の会員数であったが，その後，助手，研究医，研修医，大学院生の入会希望者が増加し，現在では四百五十三名の会員数となっている．なお，当医師会では毎年五月，新入医師オリエンテーションの際に，医師会の説明を行っている．
　現在，東京都には十二の大学に医師会があり，年一回，大学医師会長協議会を行い，また，東京都医師会役員との懇談会も行って，情報交換をしている．そのほか，東京都医師会主催のブロック代表会長会議に出席して，東京都医師会との連携を密にしている．
　東京医大医師会では，産業医研修会，健康スポーツ医研修会，日本医師会生涯教育に基づく近隣地区医師会との研究会等も行っているが，これからも増えるであろう医療事故問題も含めて，さらにいっそう各医師会との連携を深めて行きたいと考えている．

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